I Laboratori Nazionali sono strutture del CNIT a disposizione di tutte le Università consorziate, aventi il fine di svolgere attività di ricerca particolarmente impegnativa sul piano sperimentale e realizzativo a livello nazionale e internazionale.
- Laboratorio Nazionale di Comunicazioni Multimediali, Napoli
- Laboratorio Nazionale di Comunicazioni Wireless, Bologna/Cesena/Ferrara
- Laboratorio Nazionale di Fibre Ottiche Avanzate per Fotonica, L’Aquila
- Laboratorio Nazionale di Radar e Sistemi di Sorveglianza, Pisa
- Laboratorio Nazionale di Reti e Tecnologie Fotoniche, Pisa
- Laboratorio Nazionale di Reti Intelligenti e Sicure, Genova
- Laboratorio Nazionale di Network Assessment, Assurance e Monitoring, Roma
A questi si aggiungono altri Laboratori CNIT nati con finalità differenti.